对一般保值者而言，所要保值的资产不会和指数成分股及数量完全一致，这就存在交叉保值的风险。所谓交叉保值的风险，是指投资者所要保值的资产 并不是所使用的股指期货的标的资产，在实际运行过程中，两类资产的价格走势并不是完全一致的，这就会导致风险。交叉保值需要用所谓套头比对所需期货规模进行调整，并且交叉保值交易所构造的组合也不是无风险的，其风险包括上述基差风险和主要与现货股票组合的非系统性风险有关的其他风险。
交叉套期保值是通过期货市场，用一种金融凭证为另一种相关的金融凭证防避风险。如某人有公司债券资产面值1千万美元，平均到期日20年。3月30日的市场现货价值为$7500000。如果未来利率上升，债券资产的价值便下降。他可以利用美国国库券期货市场为其公司债券保值。他在3月30日按价格82-10出售100份9月国库券期货合约。到6月30日，利率上升了。债券持有人要改变投资方向，出售公司债券。他抛出1千万元债券，如果现价是6600000，损失900000。另一方面，国库券价格也下跌到71-10，按这个价格他买回100份国库券期货合同，得到11-00 (82-10减71-10)，即1100000美元，大于出售公司债券的损失，原因是国库券价格下跌大于公司债券的下跌。交叉套期保值也不是完全的。如果反过来，公司债券的平均价格的下跌快于国库券的价格，交易人会遭损失。
